食品小經營店備案證和食品經營許可證有許多不同：
1、針對對象不同。
食品小經營店備案證是各地針對“三小”即食品小作坊、小經營店和小攤點；食品經營許可證針對所有食品行業領域生產經營活動。
2、適用法律法規不同。
食品小經營店備案證只適用各地方制定法規，食品經營許可證適用《餐飲服務許可管理辦法》，為法律法規。
3、扮演身份不同。
小作坊、小經營店和小攤點基本上無固定法定地點，多數為無工商營業執照，食品小經營店備案證扮演“臨時身份證”角色；食品經營許可證只是行業經營許可憑證。

法律依據：
《食品經營許可管理辦法》 第二條 在中華人民共和國境內，從事食品銷售和餐飲服務活動，應當依法取得食品經營許可。
食品經營許可的申請、受理、審查、決定及其監督檢查，適用本辦法。