有未開票收入未申報會影響公司注銷。
首先，增值稅和企業所得稅方面，稅款需要補繳，會產生相應的滯納金和罰款；
其次，如果這件事涉及稅務檢查，待稅務檢查結案后，才能正常辦理注銷事項；、
第三，如果是在稅務注銷期間檢查出未開票收入沒有申報，那么會進行查賬，確認稅款事項交納后，才能完成稅務清算。
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